مقام معظم رهبری و سید احمد خمینی را می توان دو منتقد بزرگ سیاست های دولت سازندگی هاشمی رفسنجانی برشمرد که در برهه های گوناگون، سیاست های هاشمی رفسنجانی را به نقد کشیده اند. انتقاداتی که بیان آنها خصوصا از جانب "فرزند امام خمینی" برای هاشمی که خود را یار امام خمینی  می دانست به شدت سنگین بود. 

حاج سیداحمد خمینی در مهرماه سال 73 در نقدِ سیاست دولت سازندگی مبنی بر بازگشت سرمایه داران بزرگ به کشور و در دست گرفتن نبض اقتصادی کشور می گوید: "متأسفانه امروز هم خون مستضعفین را سرمایه داران بزرگ و کوچک می مکند. بعضی خیال می کنند به بخش خصوصی بها دادن به معنای آزادی عمل سرمایه داران به شکلی است که هر اندازه خواستند خون مظلومین را در شیشه بکنند. این گونه نمی شود. امام راحل از اول گفته اند که روحانیت به خون سرمایه داران زالو صفت تشنه است، زیرا آنها نمی گذارند مردم مستضعف زندگی عادی و سالمی داشته باشند، مشکل ما تنها این نیست که دولت های غربی با ما مخالف هستند، اگر ما با سرمایه داران بزرگ به طور سنجیده ای برخورد می کردیم آنها نمی توانستند در برابر دولت و ملت یک مسئله ای را ایجاد کنند، از موقعی که سرمایه داران تحت لوای بخش خصوصی به تخریب اقتصادی مشغول هستند، هر روز سنگی در مقابل توان اقتصادی مردم مظلوم و مستضعف انداخته و هر روز سیاست های اقتصاد دولت به بازی گرفته می شود هرگاه سرنخ این تخریب ها دنبال شد، چند نفر سرمایه دار بزرگ را در پشت صحنه می بینیم. اگر ما با سرمایه داران همانند منافقین برخورد می کردیم اوضاع کشور به این صورت درنمی آمد، یک عده سرمایه دار زالو صفت به این بهانه که اقتصاد دولتی مضر است، به حال خود رها شده و به جان این ملت افتاده اند. کسی منکر این نیست که اقتصاد دولتی مضراتی دارد اما به این بهانه نباید لجام گسیختگی اقتصاد حاکم شود 

" 

علی لاریجانی(رئیس وقت صدا و سیما) در خاطرات خود، واکنش دولت به انتقادات اینچنینی حاج احمدآقا را اینگونه بیان می کند: 

"عصر در جلسه هیأت دولت شرکت کردم. موضعگیری‌های اخیر علیه سیاست‌های دولت، موجب نگرانی وزرا شده است. آیت‌الله جنتی در خطبه‌های نماز جمعه از گرانی‌ها ابراز نگرانی کرده و گفته بودند باید با این مسئله مبارزه جدی شود. ظاهراً آیت‌الله مشکینی هم گفته‌اند گرانی یک جو کاذب نیست؛ یک واقعیت است و مردم بیشتر از آن که از کمبودها شکایت کنند، از بی‌عدالتی ناراحت هستند. این مطالب در کنار سخنان منتشره از حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سیداحمدآقا خمینی، واکنش‌هایی در دولت داشت. آنها احساس می‌کردند این فضا مانع توسعه کشور می‌شود."

این انتقادات فرزند امام در حالی بود که رهبر معظم انقلاب نیز، بارها از شیفتگی دولت سازندگی برای استقبال از مرفهان و سرمایه داران و غفلت از خدمت به محرومین اینگونه هشدار داده بودند:" هدف اصلی در کشور ما و در نظام جمهوری اسلامی عبارت از تأمین عدالت است و رونق اقتصادی تلاش سازندگی مقدمه آن است. ما نمی خواهیم سازندگی کنیم که نتیجه این سازندگی یا نتیجه رونق اقتصادی این باشد که عده ای از تمکن بیشتری برخوردار شوند و عده ای فقیرتر شوند. این به هیچ وجه مورد رضای الهی و رضای اسلام و مورد قبول ما نیست." (72/1/1)

حاج سیداحمد خمینی در سخنانی دیگر با انتقاد شدید از سیاستِ استقراض خارجی دولت سازندگی می گوید: " آیا آمریکا به ما گفت که دور دنیا راه بیفتیم و از هر کشور و دولتی که سر راهمان بود چند صد میلیون و چندین میلیارد دلار وام بگیریم و مملکت را زیر بار استقراض خارجی ببریم؟! … یک مدت ایام ماه عسل بود، آقایان از دردسر جنگ فراغت یافته و پول های موجود را هزینه می کردند. دوستان انقلاب و نظام مرتبا حرص می خوردند و مضرات دریافت وام های سنگین خارجی را گوشزد می کردند اما آقایان در مصاحبه های خود دریافت هرگونه وجهی را از کشورهای خارجی تکذیب کرده و با قاطعیت می گفتند ما هیچگونه بدهی خارجی نداریم. 

حالا اعلام می شود که صحبت از 35 تا 40 میلیارد دلار بدهی است و هر چند هفته یکبار اخبار مربوط به نحوه پرداخت بدهی ها به آلمان و فرانسه و انگلیس و هلند و کره و ژاپن وبعضی ممالک دور و نزدیک در جراید چاپ می شود و یک نفر هم نیست که این روزنامه ها را بردارد ببرد بگذارد جلوی برادر دکتر عادلی رئیس کل سابق بانک مرکزی و دکتر نوربخش وزیر سابق دارایی و از آقایان بپرسد که مگر شما نمی گفتید ما صنار به ممالک خارجی بدهکار نیستیم؟"

*یکی دیگر از مواردی که مورد انتقاد شدید سیداحمد خمینی قرار می گیرد "عدم نقدپذیری" و "ایجاد خفقان سیاسی" توسط دولت سازندگی است که در آن "مخالفت با دولت و انتقاد از آن" به "مخالفت با رهبری و "تضعیف نظام" تعبیر می شد . حاج احمد آقا در نقد این مسأله چنین میگوید: " دیدگاهی که بیان ضعف‌ها را باعث تضعیف نظام می‌داند، دیدگاه اشتباهی است، نقد یک حرکت و سیاست بد دقیقا عین حمایت از نظام است و رسانه‌ها و دستگاه‌های خبری کشور باید در این زمینه به نحو احسن ایفای نقش نمایند. متاسفانه بعضی‌ها به غلط معتقدند اگر از سیاستی و یا عملکرد مسئولی در یک گوشه‌ای از کشور انتقاد شود، نظام تضعیف شده است. این تفکر غلط به تدریج کار را به جایی می‌رساند که مسئولی در منطقه‌ای از کشور عمل خود را عین اسلام و حرف خود را حکم اسلامی دانسته و باورش می‌شود که اسلام و انقلاب همان است که من مسئول فکر می کنم. این باورهای غلطی است… اینگونه روحیات و نفوذ آن به جامعه مقدمه دیکتاتوری است و رسالت رسانه‌های خبری و خبرگزاری جمهوری اسلامی این است که با آن مقابله کنند."

گفتنی است پیش از این و در سالهای اول دولت سازندگی نیز رهبر انقلاب، چندین بار و در مناسبتهای مختلف عنوان کرده بودند که " تذکر و انتقاد دوستانه و برادرانه به معنای عدم حمایت نیست." و " دیگر آنکه‌ در نظام‌ اسلامی‌ اگرچه‌ رسم‌ و سنت‌ انتقاد و نصیحت‌ مشفقانه‌ به ‌مسؤولین‌، یکی‌ از مواهب‌ الهی‌ و مفاخر اسلامی‌ و مایه‌ی‌ رشد و ارتقاء و پیشرفت‌ امور و مصداق‌ بارز فریضه‌ی‌ امر به معروف‌ است‌ و باید در جامعه‌ بماند و توسعه‌ و کیفیت‌ بیابد."